国家南海博物馆选址在琼海市潭门中心渔港，地块历史悠久，水陆交通便利，距离博鳌约9公里，属于大博鳌经济圈的范畴。南海博物馆的建筑概念设计方案由中国工程院院士、华南理工大学建筑设计研究院院长何镜堂领衔担纲设计，融合现代美学风格和中国文化元素，以“丝路逐浪、南海方舟”为设计主题，结合了海南黎族船型屋、渔网、海浪等地方文化和海洋文化元素。南海博物馆的景观设计依附于建筑风格，运用海洋元素，融入本土海洋渔耕文化，采用大弧线组织与串联场地内各个区域：椰林广场、东侧滨海区域、红树林河道区域、北广场及西侧景观带，并在设计过程中，着重于对场地原有植物的保护、对红树林原生态的恢复，同时注重人工与自然的结合，营造出本土文化风情十足的景观空间。